En el municipio de San Quintín existen áreas naturales protegidas que están certificadas como Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación (ADVC) y en donde habita una gran variedad de especies, tanto de flora como fauna.
Algunas de las especies más representativas son serpientes de cascabel, coyotes, águilas, halcones, liebres, lagartijas, conejos, culebras, chorlos nevados, brantas negras y codornices. Mientras que más al sur del municipio, en la región de El Rosario hay pumas, gato montés, correcaminos, tejones y venados.
En cuanto a las plantas, existe una gran variedad de especies endémicas, por ejemplo, agaves y siemprevivas, al igual que diferentes especies de cactáceas, suculentas y flores. Esto se debe a que el estado se encuentra en la Provincia Florística de California, la cual inicia al norte California y termina en El Rosario. Se trata de uno de los 35 hotspots de biodiversidad en el mundo y el área de mayor diversidad florística de la zona templada de Norteamérica.
Las fotografías del rascón picudo, reptiles y la rata canguro de San Quintín fueron tomadas en los monitoreos que se han realizado en los últimos meses como parte de un proyecto binacional, el cual busca hacer una caracterización integral (acuática, terrestre, de hábitat y de vida silvestre) de las lagunas costeras de San Quintín y el Estero de Punta Banda para conocer su estado de conservación.
